A história da Federação Bahiana de Futebol começou um pouco antes da sua fundação. Ainda em 1901, com a chegada do futebol à Bahia, pelas mãos do jovem estudante José Ferreira Júnior, conhecido como Zuza Ferreira, começou a ser pavimentado o caminho para o surgimento da entidade. Foi no antigo Campo da Pólvora, em Salvador, que a bola começou a rolar no estado. Com regras trazidas da Europa, o esporte conheceu seus primeiros clubes na Bahia. O primeiro deles foi o Club Internacional de Cricket, em 1903, e dedicado exclusivamente ao futebol. O Club de Cricket Victória, atual Esporte Clube Vitória, foi fundado antes, em 1899, mas passou a praticar o futebol também em 1903. Já a primeira partida oficial foi entre Sport Club Bahiano e o Sport Clube Itapagipe. O futebol, então, caiu nas graças da população e com isso surgiu a necessidade de criação de uma entidade para organizar os jogos. Foi aí que, em 1904, foi criada a Liga Bahiana de Sports Terrestres (LBST). A LBST realizou o primeiro Campeonato Baiano em 1905, mas, oito anos depois, passou por uma série de dificuldades e acabou fechada. A lacuna foi preenchida com a fundação da Federação Bahiana de Futebol em 14 de setembro de 1913. Na sua história centenária, foram milhares de campeonatos realizados e diversos projetos desenvolvidos para o fomento do esporte mais amado do país nos quatro cantos da Bahia. Campeonato Baiano Série A, Campeonato Baiano Série B, Campeonato Baiano Sub-20, Campeonato Baiano Sub-15 e Sub-17, Campeonato Baiano Feminino, Copa Governador do Estado, Torneio Seletivo e Campeonato Intermunicipal Ednaldo Rodrigues Gomes foram criados e são organizados pela FBF. A FBF teve dezenas de presidentes, entre eles Ednaldo Rodrigues Gomes, atual Presidente da Confederação Brasileira de Futebol (CBF). A entidade máxima do futebol baiano é presidida, desde 2019, pelo analista de sistemas Ricardo Nonato Macedo de Lima, que tem como seu vice-presidente o advogado Manfredo Lessa Pinto. Em agosto de 2022, em um trabalho de modernização da sua gestão, liderado pelo atual presidente, Ricardo Lima, a FBF mudou de sede e foi transferida do Palácio dos Esportes, na Praça Castro Alves, em Salvador, para o bairro de Ipitanga na cidade de Lauro de Freitas, Região Metropolitana da Capital.